La Orden Hospitalaria de San Juan de Dios se asentó en Córdoba en 1935 con el Hogar y Clínica de San Rafael. Por aquel entonces, el centro comenzó su trabajo al lado de los más vulnerables: niños con secuelas de la polio y enfermedades diversas. Ya desde el principio, la clínica contaba con una comunidad de religiosos hospitalarios, entre los que destacó el Hermano Bonifacio Bonilla, así como un c
uerpo facultativo para atender a los pacientes y procurar su recuperación en una triple vertiente, física, intelectual y espiritual. Con la desaparición de estas enfermedades y los avances médicos y tecnológicos, en los años 60, el centro hospitalario comienza a transformarse y adaptarse a las necesidades de la población cordobesa. De este modo, la clínica inicia su crecimiento en servicios y especialidades médicas y una transformación, también a nivel de infraestructuras, que tendrá dos importantes puntos de inflexión con sendas reformas y ampliaciones: una a mediados de los 90, que propiciaría su actual denominación como Hospital San Juan de Dios, y otra en 2013 que ha supuesto la consolidación del centro como hospital general, con más de treinta especialidades médico quirúrgicas, un centro infantil de Atención Temprana, y una Obra Social que cada mes atiende las necesidades básicas de más de 400 familias cordobesas.