Le système hospitalier français comprend un secteur public, un secteur privé à but non lucratif et un secteur constitué d’entreprises appelé hospitalisation privée à but lucratif. L’histoire des cliniques privées est liée à celle de l’hôpital et au développement de la médecine en France. Le droit canon du Moyen Âge reconnaissait des « hospitalia privata » et des « hospitalia publica» . En effet, l
es hôpitaux publics relevaient alors de la charité chrétienne et étaient sous la responsabilité de l’Evêque. Ils avaient pour missions de recueillir et d’assister les indigents. Soigner l’âme et soigner le corps étaient deux préoccupations indissociables. Au fil du temps, les autorités municipales prennent en charge l’administration des hôpitaux publics . À partir de ce moment, les établissements privés deviennent le fait d’associations religieuses. Selon Olivier Faure, au XIXe siècle « le renouveau religieux, tant catholique que protestant, se traduit par la multiplication des œuvres, parmi lesquelles des hôpitaux » . Les multiples établissements privés confessionnels accueillent des publics qui ne sont pas pris en charge par l’hôpital public : « vieillards recueillis par les nombreux et immenses hospices des Petites sœurs des pauvres ; cancéreuses reçues par les établissements de l’œuvre du Calvaire ».
À la fin du XIXe siècle, le développement de la médecine à travers la généralisation de l’asepsie et de l’antisepsie va généraliser l’hospitalisation médicale. Pour certains historiens, « le développement des cliniques privées créées par des médecins naît de la discordance entre l’évolution de la médecine et le conservatisme des structures » hospitalières publiques. Les maisons de santé privées sont créées par des médecins entrepreneurs qui ouvrent des annexes pour opérer leur clientèle. Jusqu’en 1945, le nombre de cliniques privées reste toutefois très largement inférieur à celui des hôpitaux publics. De 1946 à 1962, les cliniques privées se créent au rythme moyen de soixante par an, soit plus de 1000 sur la période.
À partir des années 1960, le mouvement engagé dès les années 1950 dans plusieurs régions va s’amplifier : de plus en plus de cliniques vont être conventionnées par l’Assurance maladie et l’hospitalisation privée va ainsi poursuivre son développement. Celui-ci sera de mieux en mieux contrôlé et accompagné par un dispositif paritaire (Assurance maladie). En 1970, la première grande loi hospitalière reconnaît le dispositif conventionnel du secteur privé au cœur du système de santé français. L'article premier de cette loi donne le libre choix pour le patient de son établissement et de son médecin. En contrepartie, le système conventionnel s'organise au plan national et met en place un dispositif négocié de contrôle et de classement des établissements. Dans les années 1980, les exigences de qualité et une première vague de rénovation contraignent les établissements privés à envisager des regroupements. S'y ajoutent le développement de la chirurgie ambulatoire qui nécessite de nouveaux investissements et le fait que la contrainte de la carte sanitaire porte un coup fatal au développement des établissements au moyen de nouvelles autorisations. De fait, la loi de réforme hospitalière du 31 juillet 1987 va inciter les cliniques privées à regrouper leurs établissements et leurs activités pour se regrouper et restructurer leurs activités. Par ces regroupements et fusions, les cliniques privées se sont également adaptées aux fortes contraintes tarifaires décidées par les pouvoirs publics et aux difficultés économiques qui s’en suivent. Ces regroupements sont aussi une réponse aux évolutions de la médecine et aux progrès technologiques. Ils concernent principalement les établissements spécialisés en Médecine Chirurgie Obstétrique (MCO). Ainsi entre 1992 et 2001, le nombre de cliniques MCO (médecine, chirurgie, obstétrique) passe de 1014 à 7327. Entre 1998 et 2008, le nombre de lits d’hospitalisation complète en cliniques MCO a baissé de près de 13 000 places. Ces restructurations traduisent les difficultés économiques des cliniques et hôpitaux privés dont 23 % étaient déficitaires en 2009.
