18/05/2026
Planowanie projektu opartego o sekwencjonowanie to zazwyczaj balansowanie między hipotezami naukowymi, budżetem a możliwościami technicznymi.
Dzisiejsze "case study" idealnie pokazuje, jak wybór zewnętrznego dostawcy usług może przesądzić o sukcesie projektu.
1. Tło i wyzwanie naukowe
Zespół naukowy zidentyfikował obiecujący inhibitor kinaz, który w modelach komórkowych skutecznie niszczył komórki nowotworowe. Jednak w badaniach na modelach zwierzęcych po kilku miesiącach pojawiła się silna oporność na lek.
Naukowcy postawili hipotezę, że za oporność odpowiada albo pojawienie się nowych mutacji de novo, albo drastyczna przeprogramowanie transkrypcyjne pod wpływem leku. Aby to sprawdzić, potrzebowali podejścia multi-omicznego:
WES (Whole Exome Sequencing) – aby wykryć mutacje punktowe i zmiany liczby kopii (CNV).
RNA-seq (Transcriptomics) – aby zbadać zmiany w ekspresji genów i splicing alternatywny.
2. Dylemat: Własne laboratorium (In-house) czy outsourcing?
Instytut posiadał starszy, mniejszy sekwencjator (Illumina MiSeq). Początkowo zespół rozważał dokupienie odczynników i wykonanie sekwencjonowania na miejscu. Szybko jednak zderzyli się z rzeczywistością:
Przepustowość: MiSeq wygenerowałby zbyt mało danych. Koszt zakupu własnego, potężniejszego aparatu był poza zasięgiem budżetu.
Czas: Samodzielna izolacja, przygotowanie bibliotek i optymalizacja protokołów dla trudnych próbek zajęłyby ok. 4-6 miesięcy.
Bioinformatyka: Brak etatowego bioinformatyka, który potrafiłby sprawnie zintegrować dane DNA i RNA.
Decyzja: Zlecenie usługi na zewnątrz - weSEQ.IT :)
3. Przebieg współpracy i punkty zwrotne
Podczas realizacji projektu pojawiły się dwa krytyczne momenty, które pokazały wartość profesjonalnego serwisu:
Problem z jakością RNA: Trzy próbki z grupy kontrolnej miały niskie parametry jakościowe (degradacja RNA). Zamiast bezmyślnie przepuścić je przez procedurę (co dałoby bezużyteczne dane), zatrzymaliśmy proces, skonsultowaliśmy się z zespołem i zaproponowaliśmy różne możliwości. Ostatecznie klient zdecydował się odrzucić słabe i wysłane nowe próbki na ich miejsce.
4. Efekt końcowy i sukces naukowy
Dzięki profesjonalnemu wykonaniu usługi przez weSEQ.IT, zespół w zaledwie 6 tygodni od wysłania próbek, otrzymał kompletne, wysokiej jakości, powtarzalne dane.
Nasi bioinformatycy połączyli dane z WES i RNA-seq. Okazało się, że oporność nie wynikała z nowych mutacji w DNA (WES był niemal identyczny przed i po terapii), ale z aktywacji alternatywnej ścieżki sygnalizacyjnej na poziomie RNA (potężny up-regulation jednego z genów). Gdyby analiza nie została przeprowadzona na próbkach o wysokiej jakości, nie byłaby możliwa identyfikacja genu o zmiennej ekspresji o tak wysokiej pewności statystycznej.
Wynik: Publikacja w prestiżowym czasopiśmie o wysokim Impact Factor oraz grant na kolejny etap badań nad inhibitorem łączonym. Zespół zaoszczędził około pół roku pracy i uniknął błędów metodologicznych.
💡 Kluczowe wnioski dla każdego planującego sekwencjonowanie:
> Cena za próbkę to nie wszystko: Liczy się to, co dzieje się, gdy próbka jest „trudna”. Dobry dostawca to partner merytoryczny, a nie tylko „operator maszyny”.
> Zdefiniuj cel bioinformatyczny na starcie: Surowe dane (gigabajty plików FASTQ) bez odpowiedniej analizy (pipeline) są dla wielu laboratoriów bezużyteczne. Często warto dopłacić za analizę.
> Logistyka i QC: Transport próbek w suchym lodzie i transparentny system raportowania statusu i jakości próbek to standard, który oferujemy w weSEQ.IT
